方运拿走第一页，继续书写。
“新历二零二年，吾等三百进士遇瘟疫之主分身，困于猎场，仓促间……”
“瘟疫一证，历代明哲具有成方。如医圣张仲景有大青龙汤、阳旦汤……”
“虽长沙有论，后学注释繁多，究使指归不定，以致湿温、时疫，漏而不讲……”
“瘟疫一证虽有成方，并无成书……”
“吾研读医书众多，察疫与伤寒同途异归，不可拘伤寒法而治疫……”
在自序部分，方运先是说明为什么写此书，然后又谦虚地表示自己是赶鸭子上架，可能会有很多问题。
接着没有直接提及圣元大陆从来没出现过的“瘟病学派”，而是先称颂伤寒学派的鼻祖张仲景，先说他的成就，并说他也有瘟疫的治疗之法。但笔锋一转，说世称张长沙的张仲景有相关医道，可后面的医家之人注释杂乱，导致医家人在湿温和时疫方面有所遗漏。
这样，既不用攻击张仲景，也说出了医家的不足，两全其美，接着再说治疗瘟疫虽然要一定的药方，但并没有人把瘟疫系统成书。
在最后，方运露出了真正的目的，说出自序的重点，瘟疫与伤寒有所不同，不能用伤寒学派的医道来看待和治疗瘟疫。
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