命门通过目系与脑心相联通，二者是生命之门与生命之室的关系，门与室是一体的，目系只是通道。生命之门就是储藏生命物质的地方，生命之室（泥丸宫）就是脑心元精元神所舍藏之处。
脑心就是位于脑髓中央形似泥丸的间脑，间脑主宰着五脏六腑的生理活动，体现着元神的作用，是人体最重要、最核心的生命中枢，去掉大脑皮层生命尚可存在（植物状态），去掉脑心生命不复存在。
脑心是人体最至关重要的生命物质，它就是目睛命门所藏的先天之精，亦即元精。
目睛命门因藏有脑心这个先天之精而具有非常重要的地位，所以《内经》指出目就是命门，是藏有脑心这个非常重要物质的生命之门。
脑髓有间脑与大脑先后天之区分。大脑有思有虑主宰着躯体视听言行之心理活动，属于后天识神；间脑形似泥丸位于整个脑髓的中心，称之为脑心，脑心无思无虑主宰着五脏六腑内脏的生理活动，属于先天元神。
睛明所夹之处是为脑心，两睛明目系交叉像把钳子夹着脑心。脑心就是目睛命门所藏的先天之精。
间脑形似泥丸是整个脑髓的脑心。人类胚胎早期间脑的侧壁外突形成视目系（命门），目睛命门通过目系与脑心相联通，其有着发生学上的渊源关系。
足太阳之脉起于目睛命门，正应之“足太阳之脉，起于目内眦”，其必起源于脑心，这是由其发生学上的关系所决定的。
脑心元精化生的元气随起源于脑心泥丸宫生命之室的足太阳经运行通过目系出生命之门目，即所谓的:“气出于脑”“阳气出于目......循项下足太阳
”，然后上额循项下入五脏六腑之俞，最后植入足少阴肾经的至**，并唯肾而络，以命门天火之阳气温煦人体内的地（五脏），这还是命门为“五脏六腑之本”和“其气与肾通”的经络学证据。
五脏六腑之精气皆上注于目睛命门，就必上属于脑心，这也是由其发生学上的渊源关系所决定的。
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