按照基金会的业务范围，对机械堡垒内现有势力和格局重新进行了划分和定位。
基金会的主营业务，被划分为宣传部、投资部、保卫部、科技部、独联部、异委会。
其中宣传部的主要领导就是知名的“沙都三朵金花”，妮可、安娜和黄泉。废土电视台的一些重要骨干也都被她们带到机械堡垒，用来构建宣传部门的基础框架。
投资部是珀尼划分出来的新部门，主要是将智库合并进去，为以后的投资以及基金会财务、管理服务。
保卫部则是怪物安保公司、废土直隶于林克的军事单位。本杰明、李子骞率领的废土特种兵和陆军部队，公爵统领的埃西亚雇佣兵，金刚鹦鹉麾下的蛛魔帝国大军，龙城的罗哲宫情报组织、法夜卫队等等。
可以说，保卫部完全就是林克的亲兵。只有最受信赖的嫡系部队才能加入。
科技部门主要是海伦戴夫以及麦克斯，大到机械堡垒的维护，小到新武器装备的创新改造，这个部门代表着保护伞基金会的最高科技水平。
独联部这个部门就是专门为加入保护伞基金会的势力而专门设立的。全称是独立联合部门，其中包括潘朵拉、维多利亚、斯莱文、符神星、第一秩序、变种人兄弟会、十字军团等一系列势力与组织。
日后其他和保护伞基金会联合入住的势力，也都会加入这个部门。
最后一个部门异委会，全称异人管理事务委员会，是专门为玩家设立。其中最重要的组织是原沙都军情处，也就是现在的机械堡垒远征军办事处，由沙都军情处副主任任毅担当主要领导。
而在这些后面还有一个空缺的部门，珀尼并没有注明部门名称，只是在括号里写下了“待定”二字。
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