由漕运总兵官、漕运参将直接统领十二把总指挥运河诸事，分统各卫所漕运。
在天顺元年刚刚设立的时候，这十二名把总手下的军队总计有十二万人，运船一万多艘。
另有遮洋把总，有七千人的编制，海船三百五十艘，，专门维持河道的秩序以及防卫工作，以及漕粮海道运输，这十三名把总统称为运军。
这些把总由周围省份和地区的卫指所挥使和千户担任。
而因为漕运总兵官和参将都是因为勋贵担任，又手握大权，于是武尊文卑的局面就开始了。
漕运总兵官一职，在大明朝是超品的存在，因为都是侯爵伯爵担任此职，因此它远远高于九品十八级。
漕运总督见了漕运总兵官，需要行上礼问候，总督想要干一些比较重要的事，必须先请示总兵官，否则就越权，要被责罚问罪的。
朱祁镇的努力没有白费，他的这些改变和政策，再次的稳固了皇权至高无上的地位，文官的权力不能够在无限制的膨胀。
这样的局面一直持续到了万历年间，李三才的上任，彻底打破了这个维持了一百多年的文武平衡。
李三才这个人，他对东林党的贡献，以及整个官绅大族的贡献，都是巨大的。
他上位以后，先是把万历皇帝派下来的矿税太监给赶了回去，而后便将手伸到了漕运总兵官职权之上，想要夺权。
当时的总兵官，正是王守仁的孙子王承勋，祖父虽然是威名赫赫，但这个人却根本没什么本事，也毫无胆气可言，面对强势的李三才，根本不敢与之相抗。
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