朱由校在四川还设立了两个兵备参将，一个驻守在重庆，一个驻守在毕节，两路呈掎角之势，卡在四川和贵州的交界处。
这里也是土司势力最为庞大的地区，安邦彦和奢崇明的根基也是在这一片地区。
虽然已经平定，但仍然是混乱不堪，暴乱的事情常有发生，少族和汉人之间动不动就是打生打死的。
朱由校如果不派遣重兵，说不定哪一天就出一个有手段的人，给他再次增加难度。
重庆分守兵备参将之职，由川中名将李维新来担任，而镇守毕节的，则是朱燮元的手下大将，杨明辉。
王平等卫所武将，则是赏银子和绸缎，并没有升迁官职。
四川巡抚朱燮元，加左佥都御史，同样封赏了不菲的银子和绸缎布匹。
鲁钦则调任至贵州，加封为贵州总兵官，总理贵州的一应军务兵备，府衙设立在贵阳。
同样设立三路分守兵备参将，分别驻守遵义、河池、安顺三地，形成三角之势，以贵阳为中心，辐射管控全省。
朱由校从贵州之战中，表现最佳的将领中提拔了张彦芳和刘超二人，这两人在历史上也是平定奢安之乱的主要将领。
朱由校也是比较放心的，至少在立场上和军事才能方面，是有基本保证的。
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