人曰:“五脏本皆属阴”，又言“五脏之本，本在命门”，就像“地球之本，本在太阳”一样。
命火是一身阳气的根本，而五脏本皆属阴又本于命门，所以命门与五脏应是对立统一的阴阳关系。人们设命门为天，五脏为地。
命门为“元气之所系”，又藏有元精。元气为元精所化生，二者是功能与物质的关系。任何一个事物都有其结构（体）与功能（用）两方面，体阴用阳，结构为阴，功能为阳，体在内，用在外，这两者是一个有机的整体，相辅相成。
命门也不例外。
阴阳是相对而言的，元气为功能属于阳，元精是物质属于阴，二者同属于命门（天）是一个有机的整体。但元气用在外需发布远行，元精体在内需固守舍藏，体阴在内，用阳在外，抽象而言，可以认为这是“阳中有阴”的结构模式。
这与太阳一样，它的外面是光芒万丈的阳气（元气），内里是产生热核反应的物质（元精），太阳没有内里的热核反应（热核反应相当于元精“化生”元气的过程）就不会产生能够温煦到大地的天之阳气（元阳之气），命门没有元精的生化作用（元精“化生”元气的过程就相当于太阳内部的热核反应）就不会产生能够温煦到五脏六腑的元阳之气，二者的道理是一样的。
元气又称之为元阳之气，亦称之为命火，是人体一身阳气之根本，这与太阳火是天之阳气的根本同出一辙。所以命门是人体内的天，符合太极阴阳图“阳中有阴”的结构特征。
金木水火土“五脏本皆属阴”，是组成人体内地的内容，而肾水是五脏之阴的根本。
木火土金水五形之火是地火，所以心火是阴中之火，为阴中之阳。抽象而言，可以认为这是“阴中有阳”的结构模式。
实际上，心火主血脉的功能是推动五脏血液循环的根本动力，如果没有心火主血脉的功能，脏腑就难以产生五脏六腑之精气（阴气），尤其是心火衰竭就会出现肾水不化的临床病症，这是阴中无阳则其寒必极之证。
与地球一样，虽然地球是由木火土金水五种物质组成，但“万物禀形非水不育”，所以水是地阴之根本。
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